Der Innenraum zeigt mehrere Gestaltungselemente der Gotik: etwa die Spitzbögen und im Chor und Querschiff Rippengewölbe mit ihren Schlusssteinen. Das Mittelschiff, das eine lichte Höhe von über 19 Metern hat, weist als zentrale Achse immer auf den Altar hin.
Im himmlischen Jerusalem wirst du leben über den Tod hinaus (Offb 21).Unter der Orgelempore findet man die Büste des Baumeisters, Ludwig Zatzka. Die Balustrade mit ihren arkadenartig aneinandergereihten „Kleeblattbögen“ selbst wiederholt im Übrigen ein an den Außenfassaden häufig zur Anwendung kommendes Ziermotiv.
Der Kirchenraum um 1900 (Foto: Archiv der Pfarre Breitensee)
Hans Zatzka, Hochaltarbild (Foto: Stöcher)
Die vom Eingang aus empfundene Raumkontinuität erfährt im Querschiff eine vom Baumeister beabsichtigte Unterbrechung. Sie macht sich in einer Differenzierung der Formen bemerkbar. Es soll der der sakralen Handlung im eigentlichen Sinne vorbehaltene Raum hervorgehoben werden. Man stellt hier im Chor und Querschiff eine Bereicherung der Dekoration fest, die den Raum in seiner Wertigkeit auszeichnet und heraushebt: Kreuzrippen, in deren Schnittpunkte kunstvoll gestaltete Schlusssteine gesetzt sind; die Gewölbe zeigen über den drei Apsiden eine radiale, kompliziertere Anordnung. Die Komplexität der Vierungspfeiler bildet zur kühlen Eleganz der Rundpfeiler einen abwechslungsreichen Kontrast. Die Vierungspfeiler selbst haben einen einfachen, kreuzförmigen Kern, auf dessen flachen Seiten und Ecken Halb- und Viertelstäbe vorgelagert sind, die die im Langschiff verwendeten Formen wiederholen.
Man begegnet auch hier dem Kaiserjubiläumsgedanken der Kirche: Nach dem Doppeladler auf den Beschlägen der Haupteingangstüren und der Marmortafel im Vorraum sieht man von hier aus im Hochaltarbild von Hans Zatzka ein Medaillon Kaiser Franz Josephs mit den Jahreszahlen 1848 und 1898 sowie kaiserliche Attribute; außerdem im rechten Querschiff, wo sich alle vier Heiligenfiguren des Seitenaltars auf das Kaiserpaar beziehen: Josef, Franz von Assisi, Karl Borromäus – die drei Namenspatrone des Kaisers – sowie Elisabeth von Thüringen; schließlich in den Glasfenstern.